Khởi nghĩa Trunajaya Amangkurat I

Bài chi tiết: Khởi nghĩa Trunajaya

Vào giữa thập niên 1670, sự bất mãn với quốc vương chuyển thành cuộc nổi dậy công khai, bắt đầu từ Đông Java ngoan cố và lan dần vào bên trong. Thái tử Rahmat âm mưu với Panembahan Rama của Kajoran, người này đề xuất một mưu kế trong đó thái tử tài trợ cho con rể của Rama là Trunajaya để bắt đầu một cuộc nổi loạn tại Đông Java.[6] Raden Trunajaya, một vương công từ Madura, lãnh đạo một cuộc nổi dậy được các chiến binh lưu động đến từ Makassar hỗ trợ, do Karaeng Galesong lãnh đạo, họ chiếm được triều đình của quốc vương tại Mataram vào giữa năm 1677.[7]

Người ta tin rằng sau đó đã xảy ra xung đột giữa Trunajaya và RM. Rahmat, khiến Trunajaya không nhường lại quyền lực cho Thái tử như kế hoạch trước đó, thậm chí còn cướp bóc cung điện. RM. Rahmat không thể kiểm soát Trunajaya và cuối cùng đã đứng về phía cha mình.[cần dẫn nguồn]

Quốc vương trốn thoát đến bờ biển phía bắc cùng với thái tử, để lại đứa con trai thứ Pangeran Puger ở Mataram.[8] Phiến quân Trunajaya rõ ràng quan tâm đến lợi nhuận và trả thù hơn là điều hành một đế chế đang gặp khó khăn, họ cướp phá triều đình và rút lui về thành trì của mình ở Kediri, Đông Java, để Puger kiểm soát một triều đình yếu kém. Nắm bắt cơ hội này, Puger lên ngôi trong đống đổ nát của Plered với hiệu Susuhunan ing Alaga.[9]